O ano de 1562 veio a Carlos com a graça do sacerdócio. No silêncio da meditação, lançou Carlos planos grandiosos para a reorganização da Igreja Católica. Esses todos se concentraram na ideia de concluir o Concílio de Trento. De fato, era o que a Igreja mais necessitava, como base e fundamento da renovação e consolidação da vida religiosa. Carlos, sem cessar, chamava a atenção do seu tio (que era Cardeal e foi eleito Papa, com o nome de Pio IV) para essa necessidade, reclamada por todos os amigos da Igreja. De fato, o Concílio se realizou, e Carlos quis ser o primeiro a executar as ordens da nova lei, ainda que, por essa obediência, tivesse de deixar sua posição para ocupar outra inferior.
Carlos sabia muito bem que a caridade abre os corações também à religião. Por isso, grande parte de sua receita pertencia aos pobres, reservando para si só o indispensável. Heranças ou rendimentos que lhe vinham dos bens de família, distribuía-os entre os desvalidos. Tudo isso não aguenta comparação com as obras de caridade que o Arcebispo praticou. Quando em 1569-1570, a fome e uma epidemia, semelhante à peste, invadiram a cidade de Milão, não tendo mais o que dar, pedia ele próprio esmolas para os pobres e abria assim fontes de auxílio que teriam ficado fechadas.
Quando, porém, em 1576, a cidade foi atingida pela peste e o povo abandonado pelos poderes públicos, visto que ninguém se compadecia do povo, ainda procurava os pobres doentes dos quais ninguém lembrava, consolava-os e dava-lhes os santos sacramentos. Tendo-se esgotado todas as fontes de recurso, Carlos lançou mão de tudo o que possuía para amenizar a triste sorte dos doentes. Mais de cem sacerdotes tinham pago com a vida, na sua dedicação e serviço aos doentes. Deus conservava a vida do Arcebispo e esse se aproveitou da ocasião para dizer duras verdades aos ímpios e ricos esquecidos de Deus.
Gregório XIII não só rejeitou as acusações infundados feitas ao Arcebispo, como também recebeu Carlos Borromeu em Roma, com as mais altas distinções. Em resposta a esse gesto do Papa, o governador de Milão, organizou no primeiro domingo da Quaresma de 1579, um indigno préstito carnavalesco pelas ruas de Milão, precisamente à hora da missa celebrada pelo Arcebispo. O mesmo governador, que tanta guerra ao Prelado movera e tantas hostilidades contra São Carlos estimulara, no leito de morte, reconheceu o erro e teve o consolo da assistência do santo Bispo na hora da agonia. Seu sucessor, Carlos de Aragão, duque de Terra Nova, viveu sempre em paz com a autoridade eclesiástica. O Arcebispo gozou desse período só dois anos.
Quando em outubro de 1584, como era de costume, se retirara para fazer os exercícios espirituais, teve fortes acessos de febre, aos quais não deu importância e dizia: “Um bom pastor de almas deve saber suportar três febres, antes de se meter na cama”. Os acessos renovaram-se e consumiram as forças do Arcebispo. Ao receber os santos sacramentos, expirou aos 03 de novembro de 1584. Suas últimas palavras foram: “Eis Senhor, eu venho, vou já”. São Carlos Borromeu tinha alcançado a idade de 46 anos.
O Papa Paulo V canonizou-o em 1610 e fixou-lhe a festa para o dia 04 de novembro.
São Carlos Borromeu, rogai por nós!