Ao entrar em crise espiritual, Afonso entrega-se à oração, à penitência e dirigido por um sacerdote, descobriu o seu chamado a ser Irmão religioso e assim, assumiu grandes dificuldades como a limitação dos estudos. Vencendo tudo em Deus, Afonso foi recebido na Companhia de Jesus como Irmão e depois do noviciado foi enviado para o colégio de formação. No colégio, desempenhou os ofícios de porteiro e a todos prestava vários serviços, e dentre as virtudes heroicas que conquistou na graça e querendo ser firme na fé, a obediência foi a sua prova de verdadeira humildade.
Santo Afonso sabia ser simples, pois aceitava com amor toda ordem e desejo dos superiores, como expressão da vontade de Deus. Tinha como regra: “Agradar somente a Deus, cumprir sempre e em toda parte a Vontade Divina”. Este santo encantador, com sua espiritualidade ajudou a muitos, principalmente São Pedro Claver quanto ao futuro apostolado na Colômbia.
Místico de muitos carismas, Santo Afonso Rodrigues sofreu muito antes de morrer em 31 de outubro de 1617.
Santo Afonso Rodrigues, rogai por nós!