João nasceu em 1330, em Nepomuk, na Boêmia, atual República Checa. Apesar de os pais serem pobres e ter idade avançada, João conseguiu formar-se doutor em teologia e direito canônico na universidade de Praga, uma das mais modernas e avançadas da época, fundada pelo rei Carlos IV. Mas desde muito cedo João sabia que sua verdadeira vocação era o sacerdócio, a pregação.
Quando, finalmente, recebeu a unção sacerdotal, pôde colocar em prática o seu talento de orador sacro, e o fez de forma tão brilhante que foi convidado a ser capelão e confessor na corte, onde teve muito trabalho, pois o rei Venceslau IV era uma pessoa difícil e de mau-caráter. Mas a rainha e imperatriz Joana da Baviera era muito pia, bondosa e caridosa, e o tomou para diretor espiritual e confessor particular.
Não se sabe exatamente como foi seu martírio e como tudo ocorreu, mas o rei Venceslau, que desejava controlar a Igreja, não estava satisfeito com a possível chegada de um novo bispo, enviado por Roma a pedido da rainha.
A tradição lembra, porém, que o rei teria exigido que João violasse o segredo da confissão da rainha, coisa a que ele se negou e, por isso, foi torturado e morto. Depois, às escondidas, seu corpo foi jogado nas águas do rio Moldávia, em 16 de maio de 1383.
No dia seguinte, a população percebeu um cadáver boiando no rio, circundado por uma luz misteriosa com cinco estrelas. Ao recolhê-lo, reconheceram que se tratava do capelão João. A cidade toda, então, ficou sabendo o que acontecera com ele e reconheceu no rei Venceslau o autor daquela crueldade. Assim, em procissão, o corpo foi levado e enterrado na igreja da Santa Cruz, onde permanece até hoje.
Em 1729, ele foi canonizado. Hoje são João Nepomuceno é celebrado como o mártir da confissão e venerado por todos os habitantes da cidade de Praga.